外界質疑台電協和電廠更新改建當中，未來使用天然氣會影響基隆港運作，台電表示，安全是台電規劃方案時的首要考量，也經過操船模擬及水工試驗驗證進港及靠泊安全，且結果經過第三方驗證。未來預估每月平均2艘LNG船進港、每次所需時間約30分鐘，且與其他商船錯開，優先禮讓國際郵輪進港，把對基隆港的營運降到最低，未來也將會同港務公司，進一步擬定LNG船進出港與繫泊作業規定。

台電指出，接收站於港嘴興建，台灣並非首例，在世界各地也有類似設計，LNG船也並非危險船隻。協和經過超過6百次的操船模擬，由基隆港的引水人進行操作，已找出可以安全操航進港的情境及模式，驗證結果也經過第三方驗證會議確認通過；水工模型試驗結果也顯示，東移方案對於基隆港碼頭及協和卸收碼頭均可符合靠泊要求。水工模型試驗及操船報告書都經過第三方驗證，航安及港安無虞。

台電指出，協和接收站計畫未來將增加三道防波堤，其中增加一道400公尺長的東防波堤，形同讓基隆港航道增長400公尺，操航會更有餘裕、更安全。未來LNG船進入港嘴後，便可迴轉離開基隆港的航道停靠接收站，也不用進入基隆港原有港區，後續其他商船便可正常通行作業，不用等待LNG卸收，使用航道的時間非常短，此外，LNG船利用清晨離峰時段進港，與其他商船錯開，影響時間也有限，並將優先禮讓國際郵輪進港，把對基隆港的營運降到最低。未來台電也將會同港務公司，進一步擬定LNG船進出港與繫泊作業規定，追求接收站與基隆港「共存共榮」。

有關部分人士反覆指稱協和接收站將造成基隆港內平均波高增加一倍，台電認為其說法是刻意局部擴大解讀。興建接收站之後對港區影響，根據水工模型試驗，絕大部分的波向與現況波高相較之下，並沒有顯著的差異，對基隆港靜穩度影響甚微，所有營運碼頭皆符合靠泊標準。至於試驗中發生波高增加一倍之地點，是僅在極端測試條件下、發生機率不到1%，發生地點是在西防波堤開口區域，也並非在碼頭區，不影響靠泊作業。