財政部台北國稅局14日表示，公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，依《所得稅法》第39條規定，得將經稽徵機關核定之前10年虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。

台北國稅局進一步指出，公司當年度如經稽徵機關查獲短漏所得稅稅額不超過新台幣10萬元，或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過5％，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微，免認定為會計帳冊簿據不完備，仍可適用虧損扣除之規定。

台北國稅局指出，如果是公司自行發現錯誤，並已依《稅捐稽徵法》第48條之1規定自動補報及補繳者，其短漏所得稅稅額不超過20萬元，或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過10％，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，亦可適用虧損扣除之規定。

台北國稅局舉例，甲公司2019年度營利事業所得稅結算申報案件委託會計師查核簽證，原申報全年所得額800萬元，並列報前10年虧損扣除額600萬元（虧損年度均無短漏報所得情事），課稅所得額為200萬元。結果，2019年度經稽徵機關查獲短漏報所得額45萬元，因短漏稅額為9萬元（45萬元×稅率20 ％），未超過10萬元，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐，得視為短漏報情節輕微，免認定為會計帳冊簿據不完備，仍可適用虧損扣除之規定。

反之，若甲公司經稽徵機關查獲短漏報所得額為85萬元，因短漏稅額為17萬元（85萬元×稅率20％）已超過10萬元，且短漏報課稅所得額占全年所得額之比例為9.60％（短漏報課稅所得額85萬元÷全年所得額885萬元×100％）也已超過5％，即無法適用虧損扣除之規定。

台北國稅局說明，如果前述短漏報之所得額85萬元符合《稅捐稽徵法》第48條之1自動補報補繳之規定，因短漏稅額為17萬元（85萬元×稅率20％），未超過20萬元，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐，則甲公司原申報之前10年虧損扣除額600萬元仍可適用盈虧互抵規定。

台北國稅局提醒，公司平時帳務處理應如實記載，如發現有不慎短漏報所得額，應儘速依《稅捐稽徵法》第48條之1規定自動補報補繳所漏稅額並加計利息，除可免除處罰外，若當年度有申報適用虧損扣除，亦可適用較高之金額及比例計算是否符合短漏報情節輕微情形。